Uplynulo již 30 let od krvavých událostí v Killzone 3. Život na Helghastskej domovské planetě Helghan zůstal v ruinách, ale válka přesto pokračuje.
ISA (Meziplanetární strategická aliance) umožní bludným Helghastům, aby se usadili na planetě Vekta. Vektanské a Helghastské frakce žijí ve městě, které je rozděleno obrovskou bezpečnostní stěnou. Helghastové bojují za své právo na existenci, přičemž Vektania bojují o přežití, což vede k"studené válce" mezi Vektanmi a Helghastům.
